Skip to main content

Table 1 Distribution of V-type ATPases in bacteriaa

From: Evolutionary primacy of sodium bioenergetics

Phylum, class Species, strain Complete genome F-type ATPase
Bacteroidetes    
  Bacteroides caccae ATCC 43185 - Y
  Bacteroides fragilis YCH46 Y Y
  Bacteroides ovatus ATCC 8483 - Y
  Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 Y Y
  Bacteroides uniformis ATCC 8492 - Y
  Bacteroides vulgatus ATCC 8482 - Y
  Parabacteroides distasonis ATCC 8503 - Y
  Parabacteroides merdae ATCC 43184 - Y
  Porphyromonas gingivalis W83 Y -
  Psychroflexus torquis ATCC 700755 - Y
Chlamydiae    
  Chlamydia muridarum Nigg Y -
  Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX Y -
  Chlamydophila abortus S26/3 Y -
  Chlamydophila caviae GPIC Y -
  Chlamydophila felis Fe/C-56 Y -
  Chlamydophila pneumoniae CWL029 Y -
  Protochlamydia amoebophila UWE25 Y Y
Deinococcus-Thermus    
  Deinococcus geothermalis DSM 11300 Y -
  Deinococcus radiodurans R1 Y -
  Thermus thermophilus HB8 Y -
Firmicutes    
Bacilli Carnobacterium sp. AT7 - Y
  Enterococcus faecalis V583 Y Y
  Enterococcus faecium DO - Y
  Enterococcus hirae - Y
  Streptococcus gordonii str. Challis Y Y
  Streptococcus pneumoniae TIGR4 Y Y
  Streptococcus pyogenes M1 GAS Y Y
  Streptococcus sanguinis SK36 Y Y
Clostridia Caloramator fervidus ATCC 43024 - n/d
  Clostridium bolteae ATCC BAA-613 - Y
  Clostridium botulinum A str. ATCC 3502 Y Y
  Clostridium difficile 630 Y Y
  Clostridium novyi NT Y Y
  Clostridium perfringens str. 13 Y Y
  Clostridium phytofermentans ISDg Y Y
  Clostridium sp. L2–50 - Y
  Clostridium tetani E88 Y -
  Clostridium thermocellum ATCC 27405 Y Y
  Coprococcus eutactus ATCC 27759 - Y
  Dorea longicatena DSM 13814 - Y
  Eubacterium ventriosum ATCC 27560 - Y
  Halothermothrix orenii H 168 - Y
  Ruminococcus gnavus ATCC 29149 - Y
  Ruminococcus torques ATCC 27756 - Y
  Ruminococcus obeum ATCC 2917 - Y
  Thermoanaerobacter ethanolicus ATCC 33223 Y -
Mollicutes Acholeplasma laidlawii PG-8A Y Y
  Eubacterium dolichum DSM 3991 - Y
Fusobacteria    
  Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 Y Y
  Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 - Y
  Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256 - Y
Proteobacteria    
Alpha Labrenzia (Stappia) aggregata IAM 12614 - Y
Gamma Beggiatoa sp. PS - Y
  Neptuniibacter caesariensis - Y
  Nitrococcus mobilis Nb-231 - Y
  Nitrosococcus oceani ATCC 19707 Y Y
Delta Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C Y Y
  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 Y Y
  Geobacter uraniireducens Rf4 Y Y
Spirochaetes    
  Borrelia afzelii PKo Y -
  Borrelia burgdorferi B31 Y -
  Borrelia garinii PBi Y -
  Treponema denticola ATCC 35405 Y -
  Treponema pallidum subsp. pallidum Y -
Thermotogae    
  Thermotoga sp. RQ2 - Y
  Thermotoga neapolitana DSM 4359 - Y
  Thermotoga petrophila RKU-1 Y Y
Cyanobacteria    
  Synechococcus sp. WH 5701 - Y
Planctomycetes    
  Kuenenia stuttgartiensis - Y
  1. a The table lists bacterial species (with strain numbers) whose genomes have been found to encode V-type ATPases based on BLAST [109] searches of the NCBI non-redundant protein database. Availability of complete genome sequences is listed as of 12/31/2007. The absence of the F-ATPase genes in complete genomes is indicated with a dash; in incomplete genomes, it is marked as n/d, which stands for "not detected".