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Table 1 Distribution of V-type ATPases in bacteriaa

From: Evolutionary primacy of sodium bioenergetics

Phylum, class

Species, strain

Complete genome

F-type ATPase

Bacteroidetes

   
 

Bacteroides caccae ATCC 43185

-

Y

 

Bacteroides fragilis YCH46

Y

Y

 

Bacteroides ovatus ATCC 8483

-

Y

 

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

Y

Y

 

Bacteroides uniformis ATCC 8492

-

Y

 

Bacteroides vulgatus ATCC 8482

-

Y

 

Parabacteroides distasonis ATCC 8503

-

Y

 

Parabacteroides merdae ATCC 43184

-

Y

 

Porphyromonas gingivalis W83

Y

-

 

Psychroflexus torquis ATCC 700755

-

Y

Chlamydiae

   
 

Chlamydia muridarum Nigg

Y

-

 

Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX

Y

-

 

Chlamydophila abortus S26/3

Y

-

 

Chlamydophila caviae GPIC

Y

-

 

Chlamydophila felis Fe/C-56

Y

-

 

Chlamydophila pneumoniae CWL029

Y

-

 

Protochlamydia amoebophila UWE25

Y

Y

Deinococcus-Thermus

   
 

Deinococcus geothermalis DSM 11300

Y

-

 

Deinococcus radiodurans R1

Y

-

 

Thermus thermophilus HB8

Y

-

Firmicutes

   

Bacilli

Carnobacterium sp. AT7

-

Y

 

Enterococcus faecalis V583

Y

Y

 

Enterococcus faecium DO

-

Y

 

Enterococcus hirae

-

Y

 

Streptococcus gordonii str. Challis

Y

Y

 

Streptococcus pneumoniae TIGR4

Y

Y

 

Streptococcus pyogenes M1 GAS

Y

Y

 

Streptococcus sanguinis SK36

Y

Y

Clostridia

Caloramator fervidus ATCC 43024

-

n/d

 

Clostridium bolteae ATCC BAA-613

-

Y

 

Clostridium botulinum A str. ATCC 3502

Y

Y

 

Clostridium difficile 630

Y

Y

 

Clostridium novyi NT

Y

Y

 

Clostridium perfringens str. 13

Y

Y

 

Clostridium phytofermentans ISDg

Y

Y

 

Clostridium sp. L2–50

-

Y

 

Clostridium tetani E88

Y

-

 

Clostridium thermocellum ATCC 27405

Y

Y

 

Coprococcus eutactus ATCC 27759

-

Y

 

Dorea longicatena DSM 13814

-

Y

 

Eubacterium ventriosum ATCC 27560

-

Y

 

Halothermothrix orenii H 168

-

Y

 

Ruminococcus gnavus ATCC 29149

-

Y

 

Ruminococcus torques ATCC 27756

-

Y

 

Ruminococcus obeum ATCC 2917

-

Y

 

Thermoanaerobacter ethanolicus ATCC 33223

Y

-

Mollicutes

Acholeplasma laidlawii PG-8A

Y

Y

 

Eubacterium dolichum DSM 3991

-

Y

Fusobacteria

   
 

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586

Y

Y

 

Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953

-

Y

 

Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256

-

Y

Proteobacteria

   

Alpha

Labrenzia (Stappia) aggregata IAM 12614

-

Y

Gamma

Beggiatoa sp. PS

-

Y

 

Neptuniibacter caesariensis

-

Y

 

Nitrococcus mobilis Nb-231

-

Y

 

Nitrosococcus oceani ATCC 19707

Y

Y

Delta

Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C

Y

Y

 

Anaeromyxobacter sp. Fw109-5

Y

Y

 

Geobacter uraniireducens Rf4

Y

Y

Spirochaetes

   
 

Borrelia afzelii PKo

Y

-

 

Borrelia burgdorferi B31

Y

-

 

Borrelia garinii PBi

Y

-

 

Treponema denticola ATCC 35405

Y

-

 

Treponema pallidum subsp. pallidum

Y

-

Thermotogae

   
 

Thermotoga sp. RQ2

-

Y

 

Thermotoga neapolitana DSM 4359

-

Y

 

Thermotoga petrophila RKU-1

Y

Y

Cyanobacteria

   
 

Synechococcus sp. WH 5701

-

Y

Planctomycetes

   
 

Kuenenia stuttgartiensis

-

Y

  1. a The table lists bacterial species (with strain numbers) whose genomes have been found to encode V-type ATPases based on BLAST [109] searches of the NCBI non-redundant protein database. Availability of complete genome sequences is listed as of 12/31/2007. The absence of the F-ATPase genes in complete genomes is indicated with a dash; in incomplete genomes, it is marked as n/d, which stands for "not detected".
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Biology Direct

ISSN: 1745-6150

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