Table 3 Comparing the gene structures between the intron-lost genes and intron-conserved genes in Caenorhabditis
Species | Gene type | Gene number | Coding sequence length | Gene length | Intron number | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Median (bp) | p-value | Median (bp) | p-value | Median | p-value | |||
Cang | Conserved | 682 | 767 | PU = 10−67 | 1791 | PU = 7 × 10−30 | 3 | PU = 2 × 10−30 |
|  | Lost | 1534 | 1350 | PBH = 10−66 | 2785 | PBH = 3 × 10−29 | 5 | PBH = 2 × 10−29 |
Cjap | Conserved | 682 | 899 | PU = 2 × 10−56 | 2860 | PU = 6 × 10−31 | 4 | PU = 4 × 10−24 |
|  | Lost | 672 | 1572 | PBH = 9 × 10−56 | 4842 | PBH = 6 × 10−30 | 6 | PBH = 2 × 10−23 |
Cele | Conserved | 682 | 1022 | PU = 4 × 10−32 | 2673 | PU = 5 × 10−15 | 5 | PU = 3 × 10−13 |
|  | Lost | 274 | 1754 | PBH = 10−31 | 4375 | PBH = 10−14 | 7 | PBH = 8 × 10−13 |
Ctro | Conserved | 682 | 945 | PU = 2 × 10−28 | 1586 | PU = 10−14 | 4 | PU = 3 × 10−12 |
|  | Lost | 246 | 1623 | PBH = 3 × 10−28 | 2480 | PBH = 3 × 10−14 | 6 | PBH = 6 × 10−12 |
Cbre | Conserved | 682 | 987 | PU = 3 × 10−33 | 1956 | PU = 2 × 10−15 | 5 | PU = 4 × 10−14 |
|  | Lost | 225 | 1797 | PBH = 9 × 10−33 | 3031 | PBH = 8 × 10−15 | 6 | PBH = 10−13 |
Clat | Conserved | 682 | 999 | PU = 10−7 | 2098 | PU = 9 × 10−6 | 5 | PU = 10−5 |
|  | Lost | 38 | 1733 | PBH = 2 × 10−7 | 3742 | PBH = 10−5 | 8 | PBH = 2 × 10−5 |
Crem | Conserved | 682 | 1010 | PU = 5 × 10−5 | 2255 | PU = 0.0005 | 5 | PU = 0.0007 |
|  | Lost | 27 | 1488 | PBH = 6 × 10−5 | 3695 | PBH = 0.0006 | 7 | PBH = 0.0008 |
Csin | Conserved | 682 | 987 | PU = 5 × 10−22 | 1893 | PU = 2 × 10−12 | 5 | PU = 3 × 10−12 |
|  | Lost | 142 | 1794 | PBH = 8 × 10−22 | 3111 | PBH = 4 × 10−12 | 7 | PBH = 6 × 10−12 |
Cnig | Conserved | 682 | 1017 | PU = 10−5 | 2260 | PU = 0.0078 | 5 | PU = 0.0002 |
|  | Lost | 35 | 1584 | PBH = 10−5 | 2889 | PBH = 0.0080 | 8 | PBH = 0.0002 |
Cbri | Conserved | 682 | 1040 | PU = 0.0045 | 2714 | PU = 0.0080 | 5 | PU = 0.0141 |
|  | Lost | 6 | 1880 | PBH = 0.0045 | 5108 | PBH = 0.0080 | 8 | PBH = 0.0141 |