TY - JOUR AU - Daniel, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The metagenomics of soil JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1160 DO - 10.1038/nrmicro1160 ID - Daniel2005 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - Mering, C. AU - Kobayashi, A. AU - Salamov, A. A. AU - Chen, K. AU - Chang, H. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative metagenomics of microbial communities JO - Science. VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1107851 DO - 10.1126/science.1107851 ID - Tringe2005 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Hamady, M. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human microbiome project JO - Nature. VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06244 DO - 10.1038/nature06244 ID - Turnbaugh2007 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - A framework for human microbiome research JO - Nature. VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11209 DO - 10.1038/nature11209 ID - ref4 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature. VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - ref5 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature. VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - ref6 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - A framework for human microbiome research JO - Nature. VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11209 DO - 10.1038/nature11209 ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Yatsunenko, T. AU - Rey, F. E. AU - Manary, M. J. AU - Trehan, I. AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Contreras, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human gut microbiome viewed across age and geography JO - Nature. VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11053 DO - 10.1038/nature11053 ID - Yatsunenko2012 ER - TY - JOUR AU - Khoruts, A. AU - Dicksved, J. AU - Jansson, J. K. AU - Sadowsky, M. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Changes in the composition of the human fecal microbiome after bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile-associated diarrhea JO - J Clin Gastroenterol VL - 44 ID - Khoruts2010 ER - TY - JOUR AU - Chang, J. Y. AU - Antonopoulos, D. A. AU - Kalra, A. AU - Tonelli, A. AU - Khalife, W. T. AU - Schmidt, T. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Decreased diversity of the fecal Microbiome in recurrent Clostridium difficile---associated diarrhea JO - J Infect Dis VL - 197 UR - https://doi.org/10.1086/525047 DO - 10.1086/525047 ID - Chang2008 ER - TY - JOUR AU - Buffie, C. G. AU - Bucci, V. AU - Stein, R. R. AU - McKenney, P. T. AU - Ling, L. AU - Gobourne, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile JO - Nature. VL - 517 UR - https://doi.org/10.1038/nature13828 DO - 10.1038/nature13828 ID - Buffie2015 ER - TY - JOUR AU - Onderdonk, A. B. AU - Delaney, M. L. AU - Fichorova, R. N. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Human Microbiome during bacterial vaginosis JO - Clin Microbiol Rev VL - 29 UR - https://doi.org/10.1128/CMR.00075-15 DO - 10.1128/CMR.00075-15 ID - Onderdonk2016 ER - TY - JOUR AU - Lambert, J. A. AU - John, S. AU - Sobel, J. D. AU - Akins, R. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Longitudinal analysis of vaginal microbiome dynamics in women with recurrent bacterial vaginosis: recognition of the conversion process JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0082599 DO - 10.1371/journal.pone.0082599 ID - Lambert2013 ER - TY - JOUR AU - Ravel, J. AU - Gajer, P. AU - Abdo, Z. AU - Schneider, G. M. AU - Koenig, S. S. K. AU - McCulle, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Vaginal microbiome of reproductive-age women JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002611107 DO - 10.1073/pnas.1002611107 ID - Ravel2011 ER - TY - JOUR AU - Ma, B. AU - Forney, L. J. AU - Ravel, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Vaginal microbiome: rethinking health and disease JO - Annu Rev Microbiol VL - 66 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-micro-092611-150157 DO - 10.1146/annurev-micro-092611-150157 ID - Ma2012 ER - TY - JOUR AU - Sampson, T. R. AU - Debelius, J. W. AU - Thron, T. AU - Janssen, S. AU - Shastri, G. G. AU - Ilhan, Z. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut microbiota regulate motor deficits and Neuroinflammation in a model of Parkinson's disease JO - Cell. VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.018 DO - 10.1016/j.cell.2016.11.018 ID - Sampson2016 ER - TY - JOUR AU - Hoisington, A. J. AU - Brenner, L. A. AU - Kinney, K. A. AU - Postolache, T. T. AU - Lowry, C. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - The microbiome of the built environment and mental health JO - Microbiome. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0127-0 DO - 10.1186/s40168-015-0127-0 ID - Hoisington2015 ER - TY - JOUR AU - Olde Loohuis, L. M. AU - Mangul, S. AU - Ori, A. P. S. AU - Jospin, G. AU - Koslicki, D. AU - Yang, H. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - Transcriptome analysis in whole blood reveals increased microbial diversity in schizophrenia JO - Transl Psychiatry VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41398-018-0107-9 DO - 10.1038/s41398-018-0107-9 ID - Olde Loohuis2018 ER - TY - JOUR AU - Klepeis, N. E. AU - Nelson, W. C. AU - Ott, W. R. AU - Robinson, J. P. AU - Tsang, A. M. AU - Switzer, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - The National Human Activity Pattern Survey (NHAPS): a resource for assessing exposure to environmental pollutants JO - J Expo Anal Environ Epidemiol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/sj.jea.7500165 DO - 10.1038/sj.jea.7500165 ID - Klepeis2001 ER - TY - JOUR AU - Adams, R. I. AU - Miletto, M. AU - Lindow, S. E. AU - Taylor, J. W. AU - Bruns, T. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Airborne bacterial communities in residences: similarities and differences with fungi JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0091283 DO - 10.1371/journal.pone.0091283 ID - Adams2014 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - Zhang, T. AU - Liu, X. AU - Yu, Y. AU - Lee, W. H. AU - Yap, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - The airborne metagenome in an indoor urban environment JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001862 DO - 10.1371/journal.pone.0001862 ID - Tringe2008 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Jones, E. AU - Kline, J. AU - Northcutt, D. AU - Stenson, J. AU - Womack, A. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Architectural design influences the diversity and structure of the built environment microbiome JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.211 DO - 10.1038/ismej.2011.211 ID - Kembel2012 ER - TY - JOUR AU - Rintala, H. AU - Pitkäranta, M. AU - Toivola, M. AU - Paulin, L. AU - Nevalainen, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diversity and seasonal dynamics of bacterial community in indoor environment JO - BMC Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-8-56 DO - 10.1186/1471-2180-8-56 ID - Rintala2008 ER - TY - JOUR AU - Dunn, R. R. AU - Fierer, N. AU - Henley, J. B. AU - Leff, J. W. AU - Menninger, H. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Home life: factors structuring the bacterial diversity found within and between homes JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0064133 DO - 10.1371/journal.pone.0064133 ID - Dunn2013 ER - TY - JOUR AU - Afshinnekoo, E. AU - Meydan, C. AU - Chowdhury, S. AU - Jaroudi, D. AU - Boyer, C. AU - Bernstein, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Geospatial resolution of Human and bacterial diversity with City-scale metagenomics JO - Cell Syst VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2015.07.006 DO - 10.1016/j.cels.2015.07.006 ID - Afshinnekoo2015 ER - TY - JOUR AU - Leung, M. H. Y. AU - Wilkins, D. AU - Li, E. K. T. AU - Kong, F. K. F. AU - Lee, P. K. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Indoor-air microbiome in an urban subway network: diversity and dynamics JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02244-14 DO - 10.1128/AEM.02244-14 ID - Leung2014 ER - TY - JOUR AU - Lloyd-Price, J. AU - Mahurkar, A. AU - Rahnavard, G. AU - Crabtree, J. AU - Orvis, J. AU - Hall, A. B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Strains, functions and dynamics in the expanded Human Microbiome Project JO - Nature. VL - 550 UR - https://doi.org/10.1038/nature23889 DO - 10.1038/nature23889 ID - Lloyd-Price2017 ER - TY - JOUR AU - Consortium, H. M. J. R. S. AU - Nelson, K. E. AU - Weinstock, G. M. AU - Highlander, S. K. AU - Worley, K. C. AU - Creasy, H. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - A catalog of reference genomes from the human microbiome JO - Science. VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1183605 DO - 10.1126/science.1183605 ID - Consortium2010 ER - TY - STD TI - CAMDA 17th Annual International Conference on Critical Assessment of Massive Data Analysis. 2018. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Consortium, M. I. PY - 2016 DA - 2016// TI - The metagenomics and Metadesign of the subways and urban biomes (MetaSUB) international Consortium inaugural meeting report JO - Microbiome. VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-016-0168-z DO - 10.1186/s40168-016-0168-z ID - Consortium2016 ER - TY - JOUR AU - Oulas, A. AU - Pavloudi, C. AU - Polymenakou, P. AU - Pavlopoulos, G. A. AU - Papanikolaou, N. AU - Kotoulas, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metagenomics: tools and insights for analyzing next-generation sequencing data derived from biodiversity studies JO - Bioinform Biol Insights VL - 9 UR - https://doi.org/10.4137/BBI.S12462 DO - 10.4137/BBI.S12462 ID - Oulas2015 ER - TY - STD TI - Breitwieser FP, Lu J, Salzberg SL. A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Brief Bioinform. 2017. ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Truong, D. T. AU - Franzosa, E. A. AU - Tickle, T. L. AU - Scholz, M. AU - Weingart, G. AU - Pasolli, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 DO - 10.1038/nmeth.3589 ID - Truong2015 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Wood, D. E. AU - Salzberg, S. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 DO - 10.1186/gb-2014-15-3-r46 ID - Wood2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Song, L. AU - Breitwieser, F. P. AU - Salzberg, S. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Centrifuge: rapid and sensitive classification of metagenomic sequences JO - Genome Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.210641.116 DO - 10.1101/gr.210641.116 ID - Kim2016 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Beier, S. AU - Flade, I. AU - Gorska, A. AU - El-Hadidi, M. AU - Mitra, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - MEGAN Community edition - interactive exploration and analysis of large-scale Microbiome sequencing data JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004957 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004957 ID - Huson2016 ER - TY - JOUR AU - Li, D. AU - Luo, R. AU - Liu, C. -. M. AU - Leung, C. -. M. AU - Ting, H. -. F. AU - Sadakane, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - MEGAHIT v1.0: a fast and scalable metagenome assembler driven by advanced methodologies and community practices JO - Methods. VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2016.02.020 DO - 10.1016/j.ymeth.2016.02.020 ID - Li2016 ER - TY - JOUR AU - Nurk, S. AU - Meleshko, D. AU - Korobeynikov, A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 DO - 10.1101/gr.213959.116 ID - Nurk2017 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Leung, H. C. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth JO - Bioinformatics. VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 DO - 10.1093/bioinformatics/bts174 ID - Peng2012 ER - TY - JOUR AU - Truong, D. T. AU - Tett, A. AU - Pasolli, E. AU - Huttenhower, C. AU - Segata, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Microbial strain-level population structure and genetic diversity from metagenomes JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.216242.116 DO - 10.1101/gr.216242.116 ID - Truong2017 ER - TY - JOUR AU - Albanese, D. AU - Donati, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Strain profiling and epidemiology of bacterial species from metagenomic sequencing JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-02209-5 DO - 10.1038/s41467-017-02209-5 ID - Albanese2017 ER - TY - JOUR AU - Nayfach, S. AU - Rodriguez-Mueller, B. AU - Garud, N. AU - Pollard, K. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography JO - Genome Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.201863.115 DO - 10.1101/gr.201863.115 ID - Nayfach2016 ER - TY - JOUR AU - Luo, C. AU - Knight, R. AU - Siljander, H. AU - Knip, M. AU - Xavier, R. J. AU - Gevers, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - ConStrains identifies microbial strains in metagenomic datasets JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3319 DO - 10.1038/nbt.3319 ID - Luo2015 ER - TY - JOUR AU - Ahn, T. H. AU - Chai, J. AU - Pan, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sigma: strain-level inference of genomes from metagenomic analysis for biosurveillance JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu641 DO - 10.1093/bioinformatics/btu641 ID - Ahn2015 ER - TY - JOUR AU - Pasolli, E. AU - Truong, D. T. AU - Malik, F. AU - Waldron, L. AU - Segata, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Machine learning Meta-analysis of large metagenomic datasets: tools and biological insights JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004977 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004977 ID - Pasolli2016 ER - TY - JOUR AU - Reiman, D. AU - Metwally, A. AU - Yang, D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Using convolutional neural networks to explore the microbiome JO - Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc VL - 2017 ID - Reiman2017 ER - TY - JOUR AU - Ren, J. AU - Ahlgren, N. A. AU - Lu, Y. Y. AU - Fuhrman, J. A. AU - Sun, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - VirFinder: a novel k-mer based tool for identifying viral sequences from assembled metagenomic data JO - Microbiome. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-017-0283-5 DO - 10.1186/s40168-017-0283-5 ID - Ren2017 ER - TY - BOOK AU - Bushnell, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - BBTools software package ID - Bushnell2017 ER - TY - JOUR AU - Sczyrba, A. AU - Hofmann, P. AU - Belmann, P. AU - Koslicki, D. AU - Janssen, S. AU - Droge, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Critical assessment of metagenome interpretation-a benchmark of metagenomics software JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4458 DO - 10.1038/nmeth.4458 ID - Sczyrba2017 ER - TY - STD TI - Pedregosa F, Varoquaux Ge, l, Gramfort A, Michel V, Thirion B, Grisel O, et al. Scikit-learn: machine learning in Python. J Mach Learn Res 2011;12(Oct):2825–2830. ID - ref51 ER - TY - STD TI - Kuhn M. caret R-package [Available from: http://topepo.github.io/caret/index.html. UR - http://topepo.github.io/caret/index.html ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Albrecht, B. AU - Bagci, C. AU - Bessarab, I. AU - Gorska, A. AU - Jolic, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - MEGAN-LR: new algorithms allow accurate binning and easy interactive exploration of metagenomic long reads and contigs JO - Biol Direct VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/s13062-018-0208-7 DO - 10.1186/s13062-018-0208-7 ID - Huson2018 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with burrows-wheeler transform JO - Bioinformatics. VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Kielbasa, S. M. AU - Wan, R. AU - Sato, K. AU - Horton, P. AU - Frith, M. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Adaptive seeds tame genomic sequence comparison JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.113985.110 DO - 10.1101/gr.113985.110 ID - Kielbasa2011 ER - TY - JOUR AU - Boisvert, S. AU - Raymond, F. AU - Godzaridis, E. AU - Laviolette, F. AU - Corbeil, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ray Meta: scalable de novo metagenome assembly and profiling JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-12-r122 DO - 10.1186/gb-2012-13-12-r122 ID - Boisvert2012 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. Y. AU - Chen, T. AU - Fuhrman, J. A. AU - Sun, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - COCACOLA: binning metagenomic contigs using sequence COmposition, read CoverAge, CO-alignment and paired-end read LinkAge JO - Bioinformatics. VL - 33 ID - Lu2017 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. W. AU - Tang, Y. H. AU - Tringe, S. G. AU - Simmons, B. A. AU - Singer, S. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - MaxBin: an automated binning method to recover individual genomes from metagenomes using an expectation-maximization algorithm JO - Microbiome. VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-26 DO - 10.1186/2049-2618-2-26 ID - Wu2014 ER - TY - JOUR AU - Kang, D. D. AU - Froula, J. AU - Egan, R. AU - Wang, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1165 DO - 10.7717/peerj.1165 ID - Kang2015 ER - TY - JOUR AU - Qiao, Y. AU - Jia, B. AU - Hu, Z. AU - Sun, C. AU - Xiang, Y. AU - Wei, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - MetaBinG2: a fast and accurate metagenomic sequence classification system for samples with many unknown organisms JO - Biol Direct VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/s13062-018-0220-y DO - 10.1186/s13062-018-0220-y ID - Qiao2018 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER -