TY - JOUR AU - Yang, X. AU - Charlebois, P. AU - Gnerre, S. AU - Coole, M. G. AU - Lennon, N. J. AU - Levin, J. Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo assembly of highly diverse viral populations JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-475 DO - 10.1186/1471-2164-13-475 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Kupferschmidt, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epidemiology. Outbreak detectives embrace the genome era JO - Science VL - 333 UR - https://doi.org/10.1126/science.333.6051.1818 DO - 10.1126/science.333.6051.1818 ID - Kupferschmidt2011 ER - TY - JOUR AU - Jin, D. Z. AU - Wen, S. Y. AU - Chen, S. H. AU - Lin, F. AU - Wang, S. Q. PY - 2006 DA - 2006// TI - Detection and identification of intestinal pathogens in clinical specimens using DNA microarrays JO - Mol Cell Probes VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.mcp.2006.03.005 DO - 10.1016/j.mcp.2006.03.005 ID - Jin2006 ER - TY - JOUR AU - Kapgate, S. S. AU - Barbuddhe, S. B. AU - Kumanan, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Next generation sequencing technologies: tool to study avian virus diversity JO - Acta Virol VL - 59 UR - https://doi.org/10.4149/av_2015_01_3 DO - 10.4149/av_2015_01_3 ID - Kapgate2015 ER - TY - JOUR AU - Pallen, M. J. AU - Loman, N. J. AU - Penn, C. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-throughput sequencing and clinical microbiology: progress, opportunities and challenges JO - Curr Opin Microbiol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2010.08.003 DO - 10.1016/j.mib.2010.08.003 ID - Pallen2010 ER - TY - JOUR AU - Gilchrist, C. A. AU - Turner, S. D. AU - Riley, M. F. AU - Petri, W. A. AU - Hewlett, E. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Whole-Genome Sequencing in Outbreak Analysis JO - Clin Microbiol Rev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1128/CMR.00075-13 DO - 10.1128/CMR.00075-13 ID - Gilchrist2015 ER - TY - JOUR AU - Bexfield, N. AU - Kellam, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomics and the molecular identification of novel viruses JO - Vet J VL - 190 UR - https://doi.org/10.1016/j.tvjl.2010.10.014 DO - 10.1016/j.tvjl.2010.10.014 ID - Bexfield2011 ER - TY - JOUR AU - Su, Z. AU - Ning, B. AU - Fang, H. AU - Hong, H. AU - Perkins, R. AU - Tong, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Next-generation sequencing and its applications in molecular diagnostics JO - Expert Rev Mol Diagn VL - 11 ID - Su2011 ER - TY - JOUR AU - Radford, A. D. AU - Chapman, D. AU - Dixon, L. AU - Chantrey, J. AU - Darby, A. C. AU - Hall, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Application of next-generation sequencing technologies in virology JO - J Gen Virol VL - 93 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.043182-0 DO - 10.1099/vir.0.043182-0 ID - Radford2012 ER - TY - JOUR AU - Barzon, L. AU - Lavezzo, E. AU - Militello, V. AU - Toppo, S. AU - Palu, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Applications of next-generation sequencing technologies to diagnostic virology JO - Int J Mol Sci VL - 12 UR - https://doi.org/10.3390/ijms12117861 DO - 10.3390/ijms12117861 ID - Barzon2011 ER - TY - JOUR AU - Capobianchi, M. R. AU - Giombini, E. AU - Rozera, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Next-generation sequencing technology in clinical virology JO - Clin Microbiol Infect VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/1469-0691.12056 DO - 10.1111/1469-0691.12056 ID - Capobianchi2013 ER - TY - JOUR AU - Barzon, L. AU - Lavezzo, E. AU - Costanzi, G. AU - Franchin, E. AU - Toppo, S. AU - Palu, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Next-generation sequencing technologies in diagnostic virology JO - J Clin Virol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcv.2013.03.003 DO - 10.1016/j.jcv.2013.03.003 ID - Barzon2013 ER - TY - JOUR AU - Gire, S. K. AU - Goba, A. AU - Andersen, K. G. AU - Sealfon, R. S. AU - Park, D. J. AU - Kanneh, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1259657 DO - 10.1126/science.1259657 ID - Gire2014 ER - TY - JOUR AU - Baize, S. AU - Pannetier, D. AU - Oestereich, L. AU - Rieger, T. AU - Koivogui, L. AU - Magassouba, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Emergence of Zaire Ebola virus disease in Guinea JO - N Engl J Med VL - 371 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1404505 DO - 10.1056/NEJMoa1404505 ID - Baize2014 ER - TY - JOUR AU - Maganga, G. D. AU - Kapetshi, J. AU - Berthet, N. AU - Kebela Ilunga, B. AU - Kabange, F. AU - Mbala Kingebeni, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ebola virus disease in the Democratic Republic of Congo JO - N Engl J Med VL - 371 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1411099 DO - 10.1056/NEJMoa1411099 ID - Maganga2014 ER - TY - JOUR AU - Meyers, L. AU - Frawley, T. AU - Goss, S. AU - Kang, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ebola virus outbreak 2014: clinical review for emergency physicians JO - Ann Emerg Med VL - 65 UR - https://doi.org/10.1016/j.annemergmed.2014.10.009 DO - 10.1016/j.annemergmed.2014.10.009 ID - Meyers2015 ER - TY - JOUR AU - Palacios, G. AU - Druce, J. AU - Du, L. AU - Tran, T. AU - Birch, C. AU - Briese, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - A new arenavirus in a cluster of fatal transplant-associated diseases JO - N Engl J Med VL - 358 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa073785 DO - 10.1056/NEJMoa073785 ID - Palacios2008 ER - TY - JOUR AU - Nakamura, S. AU - Yang, C. S. AU - Sakon, N. AU - Ueda, M. AU - Tougan, T. AU - Yamashita, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Direct metagenomic detection of viral pathogens in nasal and fecal specimens using an unbiased high-throughput sequencing approach JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004219 DO - 10.1371/journal.pone.0004219 ID - Nakamura2009 ER - TY - JOUR AU - Yozwiak, N. L. AU - Skewes-Cox, P. AU - Stenglein, M. D. AU - Balmaseda, A. AU - Harris, E. AU - DeRisi, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Virus identification in unknown tropical febrile illness cases using deep sequencing JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0001485 DO - 10.1371/journal.pntd.0001485 ID - Yozwiak2012 ER - TY - JOUR AU - McMullan, L. K. AU - Frace, M. AU - Sammons, S. A. AU - Shoemaker, T. AU - Balinandi, S. AU - Wamala, J. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Using next generation sequencing to identify yellow fever virus in Uganda JO - Virology VL - 422 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2011.08.024 DO - 10.1016/j.virol.2011.08.024 ID - McMullan2012 ER - TY - JOUR AU - Loman, N. J. AU - Constantinidou, C. AU - Christner, M. AU - Rohde, H. AU - Chan, J. Z. AU - Quick, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - A culture-independent sequence-based metagenomics approach to the investigation of an outbreak of Shiga-toxigenic Escherichia coli O104:H4 JO - JAMA VL - 309 UR - https://doi.org/10.1001/jama.2013.3231 DO - 10.1001/jama.2013.3231 ID - Loman2013 ER - TY - JOUR AU - Morlan, J. D. AU - Qu, K. AU - Sinicropi, D. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Selective depletion of rRNA enables whole transcriptome profiling of archival fixed tissue JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042882 DO - 10.1371/journal.pone.0042882 ID - Morlan2012 ER - TY - JOUR AU - Matranga, C. B. AU - Andersen, K. G. AU - Winnicki, S. AU - Busby, M. AU - Gladden, A. D. AU - Tewhey, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Enhanced methods for unbiased deep sequencing of Lassa and Ebola RNA viruses from clinical and biological samples JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0519-7 DO - 10.1186/s13059-014-0519-7 ID - Matranga2014 ER - TY - JOUR AU - Ma, Z. AU - Lee, R. W. AU - Li, B. AU - Kenney, P. AU - Wang, Y. AU - Erikson, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Isothermal amplification method for next-generation sequencing JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1311334110 DO - 10.1073/pnas.1311334110 ID - Ma2013 ER - TY - JOUR AU - Hoeijmakers, W. A. AU - Bartfai, R. AU - Francoijs, K. J. AU - Stunnenberg, H. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Linear amplification for deep sequencing JO - Nat Protoc VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2011.345 DO - 10.1038/nprot.2011.345 ID - Hoeijmakers2011 ER - TY - JOUR AU - Adiconis, X. AU - Borges-Rivera, D. AU - Satija, R. AU - DeLuca, D. S. AU - Busby, M. A. AU - Berlin, A. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2483 DO - 10.1038/nmeth.2483 ID - Adiconis2013 ER - TY - JOUR AU - Dabney, J. AU - Meyer, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Length and GC-biases during sequencing library amplification: a comparison of various polymerase-buffer systems with ancient and modern DNA sequencing libraries JO - Biotechniques VL - 52 UR - https://doi.org/10.2144/000113809 DO - 10.2144/000113809 ID - Dabney2012 ER - TY - JOUR AU - Malboeuf, C. M. AU - Yang, X. AU - Charlebois, P. AU - Qu, J. AU - Berlin, A. M. AU - Casali, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Complete viral RNA genome sequencing of ultra-low copy samples by sequence-independent amplification JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks794 DO - 10.1093/nar/gks794 ID - Malboeuf2013 ER - TY - JOUR AU - Pan, X. AU - Durrett, R. E. AU - Zhu, H. AU - Tanaka, Y. AU - Li, Y. AU - Zi, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - Two methods for full-length RNA sequencing for low quantities of cells and single cells JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1217322109 DO - 10.1073/pnas.1217322109 ID - Pan2013 ER - TY - JOUR AU - Batty, E. M. AU - Wong, T. H. AU - Trebes, A. AU - Argoud, K. AU - Attar, M. AU - Buck, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A modified RNA-Seq approach for whole genome sequencing of RNA viruses from faecal and blood samples JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066129 DO - 10.1371/journal.pone.0066129 ID - Batty2013 ER - TY - JOUR AU - Kozarewa, I. AU - Ning, Z. AU - Quail, M. A. AU - Sanders, M. J. AU - Berriman, M. AU - Turner, D. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Amplification-free Illumina sequencing-library preparation facilitates improved mapping and assembly of (G + C)-biased genomes JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1311 DO - 10.1038/nmeth.1311 ID - Kozarewa2009 ER - TY - JOUR AU - Oyola, S. O. AU - Otto, T. D. AU - Gu, Y. AU - Maslen, G. AU - Manske, M. AU - Campino, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Optimizing Illumina next-generation sequencing library preparation for extremely AT-biased genomes JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-1 DO - 10.1186/1471-2164-13-1 ID - Oyola2012 ER - TY - JOUR AU - Kozarewa, I. AU - Turner, D. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Amplification-free library preparation for paired-end Illumina sequencing JO - Methods Mol Biol VL - 733 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-089-8_18 DO - 10.1007/978-1-61779-089-8_18 ID - Kozarewa2011 ER - TY - JOUR AU - Yu, Z. AU - Cheng, K. AU - Sun, W. AU - Zhang, X. AU - Li, Y. AU - Wang, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - A PB1 T296R substitution enhance polymerase activity and confer a virulent phenotype to a 2009 pandemic H1N1 influenza virus in mice JO - Virology VL - 486 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2015.09.014 DO - 10.1016/j.virol.2015.09.014 ID - Yu2015 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Kostic, A. D. AU - Ojesina, A. I. AU - Pedamallu, C. S. AU - Jung, J. AU - Verhaak, R. G. AU - Getz, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - PathSeq: software to identify or discover microbes by deep sequencing of human tissue JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1868 DO - 10.1038/nbt.1868 ID - Kostic2011 ER - TY - JOUR AU - Wood, D. E. AU - Salzberg, S. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 DO - 10.1186/gb-2014-15-3-r46 ID - Wood2014 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Leung, H. C. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 DO - 10.1093/bioinformatics/bts174 ID - Peng2012 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Boden, M. AU - Buske, F. A. AU - Frith, M. AU - Grant, C. E. AU - Clementi, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - MEME SUITE: tools for motif discovery and searching JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp335 DO - 10.1093/nar/gkp335 ID - Bailey2009 ER - TY - JOUR AU - Grant, C. E. AU - Bailey, T. L. AU - Noble, W. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - FIMO: scanning for occurrences of a given motif JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr064 DO - 10.1093/bioinformatics/btr064 ID - Grant2011 ER -