TY - JOUR AU - Kristensen, D. M. AU - Wolf, Y. I. AU - Mushegian, A. R. AU - Koonin, E. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Computational methods for gene orthology inference JO - Brief Bioinform VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbr030 DO - 10.1093/bib/bbr030 ID - Kristensen2011 ER - TY - JOUR AU - Kuzniar, A. AU - van Ham, R. C. AU - Pongor, S. AU - Leunissen, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The quest for orthologs: finding the corresponding gene across genomes JO - Trends Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2008.08.009 DO - 10.1016/j.tig.2008.08.009 ID - Kuzniar2008 ER - TY - JOUR AU - Koonin, E. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics JO - Annu Rev Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.39.073003.114725 DO - 10.1146/annurev.genet.39.073003.114725 ID - Koonin2005 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. AU - Katju, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - The altered evolutionary trajectories of gene duplicates JO - Trends Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2004.09.001 DO - 10.1016/j.tig.2004.09.001 ID - Lynch2004 ER - TY - BOOK AU - Ohno, S. PY - 1970 DA - 1970// TI - Evolution by gene duplication PB - Springer-Verlag CY - Berlin-Heidelberg-New York UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-86659-3 DO - 10.1007/978-3-642-86659-3 ID - Ohno1970 ER - TY - JOUR AU - Snel, B. AU - Bork, P. AU - Huynen, M. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomes in flux: the evolution of archaeal and proteobacterial gene content JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.176501 DO - 10.1101/gr.176501 ID - Snel2002 ER - TY - JOUR AU - Kunin, V. AU - Ouzounis, C. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The balance of driving forces during genome evolution in prokaryotes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1092603 DO - 10.1101/gr.1092603 ID - Kunin2003 ER - TY - JOUR AU - Mirkin, B. G. AU - Fenner, T. I. AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Algorithms for computing parsimonious evolutionary scenarios for genome evolution, the last universal common ancestor and dominance of horizontal gene transfer in the evolution of prokaryotes JO - BMC Evol Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-3-2 DO - 10.1186/1471-2148-3-2 ID - Mirkin2003 ER - TY - JOUR AU - Csuros, M. AU - Miklos, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Streamlining and large ancestral genomes in Archaea inferred with a phylogenetic birth-and-death model JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp123 DO - 10.1093/molbev/msp123 ID - Csuros2009 ER - TY - JOUR AU - Storm, C. E. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Automated ortholog inference from phylogenetic trees and calculation of orthology reliability JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.1.92 DO - 10.1093/bioinformatics/18.1.92 ID - Storm2002 ER - TY - JOUR AU - Zmasek, C. M. AU - Eddy, S. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - RIO: analyzing proteomes by automated phylogenomics using resampled inference of orthologs JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-14 DO - 10.1186/1471-2105-3-14 ID - Zmasek2002 ER - TY - JOUR AU - van der Heijden, R. T. AU - Snel, B. AU - van Noort, V. AU - Huynen, M. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Orthology prediction at scalable resolution by phylogenetic tree analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-83 DO - 10.1186/1471-2105-8-83 ID - van der Heijden2007 ER - TY - JOUR AU - Schreiber, F. AU - Pick, K. AU - Erpenbeck, D. AU - Worheide, G. AU - Morgenstern, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - OrthoSelect: a protocol for selecting orthologous groups in phylogenomics JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-219 DO - 10.1186/1471-2105-10-219 ID - Schreiber2009 ER - TY - JOUR AU - Altenhoff, A. M. AU - Dessimoz, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogenetic and functional assessment of orthologs inference projects and methods JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000262 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000262 ID - Altenhoff2009 ER - TY - JOUR AU - Altenhoff, A. M. AU - Dessimoz, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring orthology and paralogy JO - Methods Mol Biol VL - 855 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-582-4_9 DO - 10.1007/978-1-61779-582-4_9 ID - Altenhoff2012 ER - TY - JOUR AU - Trachana, K. AU - Larsson, T. A. AU - Powell, S. AU - Chen, W. H. AU - Doerks, T. AU - Muller, J. AU - Bork, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Orthology prediction methods: a quality assessment using curated protein families JO - Bioessays VL - 33 UR - https://doi.org/10.1002/bies.201100062 DO - 10.1002/bies.201100062 ID - Trachana2011 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Koonin, E. V. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - A genomic perspective on protein families JO - Science VL - 278 UR - https://doi.org/10.1126/science.278.5338.631 DO - 10.1126/science.278.5338.631 ID - Tatusov1997 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - The COG database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-41 DO - 10.1186/1471-2105-4-41 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. AU - Slesarev, A. AU - Wolf, Y. AU - Sorokin, A. AU - Mirkin, B. AU - Koonin, E. AU - Pavlov, A. AU - Pavlova, N. AU - Karamychev, V. AU - Polouchine, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative genomics of the lactic acid bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0607117103 DO - 10.1073/pnas.0607117103 ID - Makarova2006 ER - TY - JOUR AU - Nolling, J. AU - Breton, G. AU - Omelchenko, M. V. AU - Makarova, K. S. AU - Zeng, Q. AU - Gibson, R. AU - Lee, H. M. AU - Dubois, J. AU - Qiu, D. AU - Hitti, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome sequence and comparative analysis of the solvent-producing bacterium Clostridium acetobutylicum JO - J Bacteriol VL - 183 UR - https://doi.org/10.1128/JB.183.16.4823-4838.2001 DO - 10.1128/JB.183.16.4823-4838.2001 ID - Nolling2001 ER - TY - JOUR AU - Snel, B. AU - Lehmann, G. AU - Bork, P. AU - Huynen, M. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.18.3442 DO - 10.1093/nar/28.18.3442 ID - Snel2000 ER - TY - JOUR AU - Wolf, Y. I. AU - Rogozin, I. B. AU - Kondrashov, A. S. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome alignment, evolution of prokaryotic genome organization, and prediction of gene function using genomic context JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.GR-1619R DO - 10.1101/gr.GR-1619R ID - Wolf2001 ER - TY - JOUR AU - Rogozin, I. B. AU - Makarova, K. S. AU - Murvai, J. AU - Czabarka, E. AU - Wolf, Y. I. AU - Tatusov, R. L. AU - Szekely, L. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Connected gene neighborhoods in prokaryotic genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.10.2212 DO - 10.1093/nar/30.10.2212 ID - Rogozin2002 ER - TY - JOUR AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Kuhn, M. AU - Chaffron, S. AU - Doerks, T. AU - Kruger, B. AU - Snel, B. AU - Bork, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - STRING 7-recent developments in the integration and prediction of protein interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl825 DO - 10.1093/nar/gkl825 ID - von Mering2007 ER - TY - JOUR AU - Cort, J. R. AU - Koonin, E. V. AU - Bash, P. A. AU - Kennedy, M. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - A phylogenetic approach to target selection for structural genomics: solution structure of YciH JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.20.4018 DO - 10.1093/nar/27.20.4018 ID - Cort1999 ER - TY - JOUR AU - Jensen, L. J. AU - Julien, P. AU - Kuhn, M. AU - von Mering, C. AU - Muller, J. AU - Doerks, T. AU - Bork, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - eggNOG: automated construction and annotation of orthologous groups of genes JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Jensen2008 ER - TY - JOUR AU - Powell, S. AU - Szklarczyk, D. AU - Trachana, K. AU - Roth, A. AU - Kuhn, M. AU - Muller, J. AU - Arnold, R. AU - Rattei, T. AU - Letunic, I. AU - Doerks, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - eggNOG v3.0: orthologous groups covering 1133 organisms at 41 different taxonomic ranges JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1060 DO - 10.1093/nar/gkr1060 ID - Powell2012 ER - TY - JOUR AU - Omelchenko, M. V. AU - Wolf, Y. I. AU - Gaidamakova, E. K. AU - Matrosova, V. Y. AU - Vasilenko, A. AU - Zhai, M. AU - Daly, M. J. AU - Koonin, E. V. AU - Makarova, K. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance JO - BMC Evol Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-5-57 DO - 10.1186/1471-2148-5-57 ID - Omelchenko2005 ER - TY - JOUR AU - Mulkidjanian, A. Y. AU - Koonin, E. V. AU - Makarova, K. S. AU - Mekhedov, S. L. AU - Sorokin, A. AU - Wolf, Y. I. AU - Dufresne, A. AU - Partensky, F. AU - Burd, H. AU - Kaznadzey, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The cyanobacterial genome core and the origin of photosynthesis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605709103 DO - 10.1073/pnas.0605709103 ID - Mulkidjanian2006 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Sorokin, A. V. AU - Novichkov, P. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clusters of orthologous genes for 41 archaeal genomes and implications for evolutionary genomics of archaea JO - Biol Direct VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-2-33 DO - 10.1186/1745-6150-2-33 ID - Makarova2007 ER - TY - JOUR AU - Esser, D. AU - Kouril, T. AU - Zaparty, M. AU - Sierocinski, P. AU - Chan, P. P. AU - Lowe, T. AU - Van der Oost, J. AU - Albers, S. V. AU - Schomburg, D. AU - Makarova, K. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Functional curation of the Sulfolobus solfataricus P2 and S. acidocaldarius 98-3 complete genome sequences JO - Extremophiles VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s00792-011-0392-1 DO - 10.1007/s00792-011-0392-1 ID - Esser2011 ER - TY - JOUR AU - Siebers, B. AU - Zaparty, M. AU - Raddatz, G. AU - Tjaden, B. AU - Albers, S. V. AU - Bell, S. D. AU - Blombach, F. AU - Kletzin, A. AU - Kyrpides, N. AU - Lanz, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The complete genome sequence of Thermoproteus tenax: a physiologically versatile member of the Crenarchaeota JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024222 DO - 10.1371/journal.pone.0024222 ID - Siebers2011 ER - TY - JOUR AU - Podar, M. AU - Anderson, I. AU - Makarova, K. S. AU - Elkins, J. G. AU - Ivanova, N. AU - Wall, M. A. AU - Lykidis, A. AU - Mavromatis, K. AU - Sun, H. AU - Hudson, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - A genomic analysis of the archaeal system Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-11-r158 DO - 10.1186/gb-2008-9-11-r158 ID - Podar2008 ER - TY - JOUR AU - Elkins, J. G. AU - Podar, M. AU - Graham, D. E. AU - Makarova, K. S. AU - Wolf, Y. AU - Randau, L. AU - Hedlund, B. P. AU - Brochier-Armanet, C. AU - Kunin, V. AU - Anderson, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0801980105 DO - 10.1073/pnas.0801980105 ID - Elkins2008 ER - TY - JOUR AU - Charlebois, R. L. AU - Doolittle, W. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computing prokaryotic gene ubiquity: rescuing the core from extinction JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3024704 DO - 10.1101/gr.3024704 ID - Charlebois2004 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Koonin, E. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative genomics of Archaea: how much have we learned in six years, and what's next? JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-8-115 DO - 10.1186/gb-2003-4-8-115 ID - Makarova2003 ER - TY - JOUR AU - Koonin, E. V. AU - Wolf, Y. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomics of bacteria and archaea: the emerging dynamic view of the prokaryotic world JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn668 DO - 10.1093/nar/gkn668 ID - Koonin2008 ER - TY - BOOK AU - Koonin, E. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Logic of Chance: The Nature and Origin of Biological Evolution Upper Saddle River PB - FT press CY - NJ ID - Koonin2011 ER - TY - JOUR AU - Yutin, N. AU - Koonin, E. V. AU - Wolf, Y. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phylogenomics of prokaryotic ribosomal proteins JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036972 DO - 10.1371/journal.pone.0036972 ID - Yutin2012 ER - TY - JOUR AU - Guy, L. AU - Ettema, T. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes JO - Trends Microbiol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2011.09.002 DO - 10.1016/j.tim.2011.09.002 ID - Guy2011 ER - TY - JOUR AU - Glazko, G. V. AU - Mushegian, A. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Detection of evolutionarily stable fragments of cellular pathways by hierarchical clustering of phyletic patterns JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-5-r32 DO - 10.1186/gb-2004-5-5-r32 ID - Glazko2004 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Who's your neighbor? New computational approaches for functional genomics JO - Nat Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/76443 DO - 10.1038/76443 ID - Galperin2000 ER - TY - JOUR AU - Schutte, M. AU - Skupin, A. AU - Segre, D. AU - Ebenhoh, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modeling the complex dynamics of enzyme-pathway coevolution JO - Chaos VL - 20 UR - https://doi.org/10.1063/1.3530440 DO - 10.1063/1.3530440 ID - Schutte2010 ER - TY - JOUR AU - Cohen, O. AU - Pupko, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Inference of gain and loss events from phyletic patterns using stochastic mapping and maximum parsimony-a simulation study JO - Genome Biol Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evr101 DO - 10.1093/gbe/evr101 ID - Cohen2011 ER - TY - JOUR AU - Jung, H. J. AU - Kim, S. AU - Kim, Y. J. AU - Kim, M. K. AU - Kang, S. G. AU - Lee, J. H. AU - Kim, W. AU - Cha, S. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dissection of the dimerization modes in the DJ-1 superfamily JO - Mol Cells VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/s10059-012-2220-6 DO - 10.1007/s10059-012-2220-6 ID - Jung2012 ER - TY - JOUR AU - Zhu, B. AU - Zhou, S. AU - Lou, M. AU - Zhu, J. AU - Li, B. AU - Xie, G. AU - Jin, G. AU - De Mot, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization and inference of gene gain/loss along burkholderia evolutionary history JO - Evol Bioinform Online VL - 7 UR - https://doi.org/10.4137/EBO.S7510 DO - 10.4137/EBO.S7510 ID - Zhu2011 ER - TY - JOUR AU - Ruepp, A. AU - Graml, W. AU - Santos-Martinez, M. L. AU - Koretke, K. K. AU - Volker, C. AU - Mewes, H. W. AU - Frishman, D. AU - Stocker, S. AU - Lupas, A. N. AU - Baumeister, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - The genome sequence of the thermoacidophilic scavenger Thermoplasma acidophilum JO - Nature VL - 407 UR - https://doi.org/10.1038/35035069 DO - 10.1038/35035069 ID - Ruepp2000 ER - TY - JOUR AU - Beiko, R. G. AU - Harlow, T. J. AU - Ragan, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Highways of gene sharing in prokaryotes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504068102 DO - 10.1073/pnas.0504068102 ID - Beiko2005 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp077 DO - 10.1093/molbev/msp077 ID - Price2009 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2-approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Csuros, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimony and likelihood JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq315 DO - 10.1093/bioinformatics/btq315 ID - Csuros2010 ER - TY - BOOK AU - Gould, S. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Full House: The Spread of excellence from Plato to Darwin PB - Three Rivers Press CY - New York ID - Gould1997 ER - TY - JOUR AU - Braun, E. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Innovation from reduction: gene loss, domain loss and sequence divergence in genome evolution JO - Appl Bioinformatics VL - 2 ID - Braun2003 ER - TY - JOUR AU - Krylov, D. M. AU - Wolf, Y. I. AU - Rogozin, I. B. AU - Koonin, E. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene loss, protein sequence divergence, gene dispensability, expression level, and interactivity are correlated in eukaryotic evolution JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1589103 DO - 10.1101/gr.1589103 ID - Krylov2003 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Streamlining and simplification of microbial genome architecture JO - Annu Rev Microbiol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.60.080805.142300 DO - 10.1146/annurev.micro.60.080805.142300 ID - Lynch2006 ER - TY - JOUR AU - Roy, S. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Intron-rich ancestors JO - Trends Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2006.07.002 DO - 10.1016/j.tig.2006.07.002 ID - Roy2006 ER - TY - JOUR AU - Csuros, M. AU - Rogozin, I. B. AU - Koonin, E. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - A detailed history of intron-rich eukaryotic ancestors inferred from a global survey of 100 complete genomes JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002150 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002150 ID - Csuros2011 ER - TY - JOUR AU - Brochier-Armanet, C. AU - Forterre, P. AU - Gribaldo, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogeny and evolution of the Archaea: one hundred genomes later JO - Curr Opin Microbiol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2011.04.015 DO - 10.1016/j.mib.2011.04.015 ID - Brochier-Armanet2011 ER - TY - JOUR AU - Brochier, C. AU - Gribaldo, S. AU - Zivanovic, Y. AU - Confalonieri, F. AU - Forterre, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nanoarchaea: representatives of a novel archaeal phylum or a fast-evolving euryarchaeal lineage related to Thermococcales? JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-5-r42 DO - 10.1186/gb-2005-6-5-r42 ID - Brochier2005 ER - TY - JOUR AU - Urbonavicius, J. AU - Auxilien, S. AU - Walbott, H. AU - Trachana, K. AU - Golinelli-Pimpaneau, B. AU - Brochier-Armanet, C. AU - Grosjean, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer JO - Mol Microbiol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x ID - Urbonavicius2008 ER - TY - JOUR AU - Gribaldo, S. AU - Brochier-Armanet, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Time for order in microbial systematics JO - Trends Microbiol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2012.02.006 DO - 10.1016/j.tim.2012.02.006 ID - Gribaldo2012 ER - TY - JOUR AU - Brochier-Armanet, C. AU - Boussau, B. AU - Gribaldo, S. AU - Forterre, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mesophilic Crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1852 DO - 10.1038/nrmicro1852 ID - Brochier-Armanet2008 ER - TY - JOUR AU - Spang, A. AU - Hatzenpichler, R. AU - Brochier-Armanet, C. AU - Rattei, T. AU - Tischler, P. AU - Spieck, E. AU - Streit, W. AU - Stahl, D. A. AU - Wagner, M. AU - Schleper, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Distinct gene set in two different lineages of ammonia-oxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota JO - Trends Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2010.06.003 DO - 10.1016/j.tim.2010.06.003 ID - Spang2010 ER - TY - JOUR AU - Gribaldo, S. AU - Poole, A. M. AU - Daubin, V. AU - Forterre, P. AU - Brochier-Armanet, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse? JO - Nat Rev Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2426 DO - 10.1038/nrmicro2426 ID - Gribaldo2010 ER - TY - JOUR AU - Brochier-Armanet, C. AU - Gribaldo, S. AU - Forterre, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Spotlight on the Thaumarchaeota JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.145 DO - 10.1038/ismej.2011.145 ID - Brochier-Armanet2012 ER - TY - BOOK AU - Williams, T. A. AU - Foster, P. G. AU - Nye, T. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cox CJ PB - A congruent phylogenomic signal places eukaryotes within the Archaea. Proc Biol Sci CY - Embley TM ID - Williams2012 ER - TY - JOUR AU - Forterre, P. PY - 1995 DA - 1995// TI - Thermoreduction, a hypothesis for the origin of prokaryotes JO - C R Acad Sci III VL - 318 ID - Forterre1995 ER - TY - JOUR AU - Boussau, B. AU - Blanquart, S. AU - Necsulea, A. AU - Lartillot, N. AU - Gouy, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07393 DO - 10.1038/nature07393 ID - Boussau2008 ER - TY - JOUR AU - Forterre, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Darwin's goldmine is still open: variation and selection run the world JO - Front Cell Infect Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.3389/fcimb.2012.00106 DO - 10.3389/fcimb.2012.00106 ID - Forterre2012 ER - TY - JOUR AU - de Queiroz, A. AU - Gatesy, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The supermatrix approach to systematics JO - Trends Ecol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2006.10.002 DO - 10.1016/j.tree.2006.10.002 ID - de Queiroz2007 ER - TY - JOUR AU - Pirie, M. D. AU - Humphreys, A. M. AU - Galley, C. AU - Barker, N. P. AU - Verboom, G. A. AU - Orlovich, D. AU - Draffin, S. J. AU - Lloyd, K. AU - Baeza, C. M. AU - Negritto, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A novel supermatrix approach improves resolution of phylogenetic relationships in a comprehensive sample of danthonioid grasses JO - Mol Phylogenet Evol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.05.030 DO - 10.1016/j.ympev.2008.05.030 ID - Pirie2008 ER - TY - JOUR AU - DeGiorgio, M. AU - Degnan, J. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and consistent estimation of species trees using supermatrix rooted triples JO - Mol Biol Evol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp250 DO - 10.1093/molbev/msp250 ID - DeGiorgio2010 ER - TY - JOUR AU - Holton, T. A. AU - Pisani, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deep genomic-scale analyses of the metazoa reject Coelomata: evidence from single- and multigene families analyzed under a supertree and supermatrix paradigm JO - Genome Biol Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evq016 DO - 10.1093/gbe/evq016 ID - Holton2010 ER -