TY - JOUR AU - Kersey, P. AU - Apweiler, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Linking publication, gene and protein data JO - Nature Cell Biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1495 DO - 10.1038/ncb1495 ID - Kersey2006 ER - TY - JOUR AU - Viswanathan, G. A. AU - Seto, J. AU - Patil, S. AU - Nudelman, G. AU - Sealfon, S. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Getting started in biological pathway construction and analysis JO - PLoS Computational Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0040016 DO - 10.1371/journal.pcbi.0040016 ID - Viswanathan2008 ER - TY - JOUR AU - Ewing, R. M. AU - Chu, P. AU - Elisma, F. AU - Li, H. AU - Taylor, P. AU - Climie, S. AU - McBroom-Cerajewski, L. AU - Robinson, M. D. AU - O'Connor, L. AU - Li, M. AU - Taylor, R. AU - Dharsee, M. AU - Ho, Y. AU - Heilbut, A. AU - Moore, L. AU - Zhang, S. AU - Ornatsky, O. AU - Bukhman, Y. V. AU - Ethier, M. AU - Sheng, Y. AU - Vasilescu, J. AU - Abu-Farha, M. AU - Lambert, J. P. AU - Duewel, H. S. AU - Stewart, I. I. AU - Kuehl, B. AU - Hogue, K. AU - Colwill, K. AU - Gladwish, K. AU - Muskat, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Large-scale mapping of human protein-protein interactions by mass spectrometry JO - Molecular Systems Biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100134 DO - 10.1038/msb4100134 ID - Ewing2007 ER - TY - STD TI - Alfarano C, Andrade CE, Anthony K, Bahroos N, Bajec M, Bantoft K, Betel D, Bobechko B, Boutilier K, Burgess E, Buzadzija K, Cavero R, D'Abreo C, Donaldson I, Dorairajoo D, Dumontier MJ, Dumontier MR, Earles V, Farrall R, Feldman H, Garderman E, Gong Y, Gonzaga R, Grytsan V, Gryz E, Gu V, Haldorsen E, Halupa A, Haw R, Hrvojic A, et al: The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update. Nucleic Acids Res. 2005, D418-424. 33 Database ID - ref4 ER - TY - STD TI - Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M: BioGRID: a general repository for interaction datasets. Nucleic Acids Res. 2006, D535-539. 10.1093/nar/gkj109. 34 Database ID - ref5 ER - TY - STD TI - Salwinski L, Miller CS, Smith AJ, Pettit FK, Bowie JU, Eisenberg D: The Database of Interacting Proteins: 2004 update. Nucleic Acids Res. 2004, D449-451. 10.1093/nar/gkh086. 32 Database ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Peri, S. AU - Navarro, J. D. AU - Amanchy, R. AU - Kristiansen, T. Z. AU - Jonnalagadda, C. K. AU - Surendranath, V. AU - Niranjan, V. AU - Muthusamy, B. AU - Gandhi, T. K. AU - Gronborg, M. AU - Ibarrola, N. AU - Deshpande, N. AU - Shanker, K. AU - Shivashankar, H. N. AU - Rashmi, B. P. AU - Ramya, M. A. AU - Zhao, Z. AU - Chandrika, K. N. AU - Padma, N. AU - Harsha, H. C. AU - Yatish, A. J. AU - Kavitha, M. P. AU - Menezes, M. AU - Choudhury, D. R. AU - Suresh, S. AU - Ghosh, N. AU - Saravana, R. AU - Chandran, S. AU - Krishna, S. AU - Joy, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1680803 DO - 10.1101/gr.1680803 ID - Peri2003 ER - TY - STD TI - Kerrien S, Alam-Faruque Y, Aranda B, Bancarz I, Bridge A, Derow C, Dimmer E, Feuermann M, Friedrichsen A, Huntley R, Kohler C, Khadake J, Leroy C, Liban A, Lieftink C, Montecchi-Palazzi L, Orchard S, Risse J, Robbe K, Roechert B, Thorneycroft D, Zhang Y, Apweiler R, Hermjakob H: IntAct--open source resource for molecular interaction data. Nucleic Acids Res. 2007, D561-565. 10.1093/nar/gkl958. 35 Database ID - ref8 ER - TY - STD TI - Chatr-aryamontri A, Ceol A, Palazzi LM, Nardelli G, Schneider MV, Castagnoli L, Cesareni G: MINT: the Molecular INTeraction database. Nucleic Acids Res. 2007, D572-574. 10.1093/nar/gkl950. 35 Database ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Pagel, P. AU - Kovac, S. AU - Oesterheld, M. AU - Brauner, B. AU - Dunger-Kaltenbach, I. AU - Frishman, G. AU - Montrone, C. AU - Mark, P. AU - Stümpflen, V. AU - Mewes, H. W. AU - Ruepp, A. AU - Frishman, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - The MIPS mammalian protein-protein interaction database JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti115 DO - 10.1093/bioinformatics/bti115 ID - Pagel2005 ER - TY - JOUR AU - Suter, B. AU - Kittanakom, S. AU - Stagljar, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Interactive proteomics: what lies ahead? JO - Biotechniques VL - 44 UR - https://doi.org/10.2144/000112799 DO - 10.2144/000112799 ID - Suter2008 ER - TY - JOUR AU - Ng, A. AU - Bursteinas, B. AU - Gao, Q. AU - Mollison, E. AU - Zvelebil, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Resources for integrative systems biology: from data through databases to networks and dynamic system models JO - Briefings in bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbl036 DO - 10.1093/bib/bbl036 ID - Ng2006 ER - TY - BOOK AU - Aho, A. AU - Ullman, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Compilers: Principles, Techniques, and Tools ID - Aho2006 ER - TY - JOUR AU - Hermjakob, H. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Bader, G. AU - Wojcik, J. AU - Salwinski, L. AU - Ceol, A. AU - Moore, S. AU - Orchard, S. AU - Sarkans, U. AU - von Mering, C. AU - Roechert, B. AU - Poux, S. AU - Jung, E. AU - Mersch, H. AU - Kersey, P. AU - Lappe, M. AU - Li, Y. AU - Zeng, R. AU - Rana, D. AU - Nikolski, M. AU - Husi, H. AU - Brun, C. AU - Shanker, K. AU - Grant, S. G. AU - Sander, C. AU - Bork, P. AU - Zhu, W. AU - Pandey, A. AU - Brazma, A. AU - Jacq, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data JO - Nature Biotechnology VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt926 DO - 10.1038/nbt926 ID - Hermjakob2004 ER - TY - STD TI - BioPAX: Biological Pathways Exchange project. [http://www.biopax.org] UR - http://www.biopax.org ID - ref15 ER - TY - STD TI - The Unified Modeling Language. [http://www.uml.org] UR - http://www.uml.org ID - ref16 ER - TY - STD TI - The Systems Biology Graphical Notation. [http://sbml.org] UR - http://sbml.org ID - ref17 ER - TY - STD TI - The modified Edinburgh Pathway Notation. [http://www.mepn-pathway.org] UR - http://www.mepn-pathway.org ID - ref18 ER - TY - STD TI - Visual Paradigm for UML. [http://www.visual-paradigm.com/product/vpuml] UR - http://www.visual-paradigm.com/product/vpuml ID - ref19 ER -