TY - JOUR AU - Gerdes, K. AU - Bech, F. W. AU - Jorgensen, S. T. AU - Lobner-Olesen, A. AU - Rasmussen, P. B. AU - Atlung, T. AU - Boe, L. AU - Karlstrom, O. AU - Molin, S. AU - von Meyenburg, K. PY - 1986 DA - 1986// TI - Mechanism of postsegregational killing by the hok gene product of the parB system of plasmid R1 and its homology with the relF gene product of the E. coli relB operon JO - Embo J VL - 5 ID - Gerdes1986 ER - TY - JOUR AU - Ogura, T. AU - Hiraga, S. PY - 1983 DA - 1983// TI - Mini-F plasmid genes that couple host cell division to plasmid proliferation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 80 ID - Ogura1983 ER - TY - JOUR AU - Gerdes, K. AU - Christensen, S. K. AU - Lobner-Olesen, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prokaryotic toxin-antitoxin stress response loci JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 ID - Gerdes2005 ER - TY - JOUR AU - Buts, L. AU - Lah, J. AU - Dao-Thi, M. H. AU - Wyns, L. AU - Loris, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Toxin-antitoxin modules as bacterial metabolic stress managers JO - Trends Biochem Sci VL - 30 ID - Buts2005 ER - TY - JOUR AU - Van Melderen, L. AU - Saavedra De Bast, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacterial toxin-antitoxin systems: more than selfish entities? JO - PLoS Genet VL - 5 ID - Van Melderen2009 ER - TY - JOUR AU - Gerdes, K. AU - Wagner, E. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA antitoxins JO - Curr Opin Microbiol VL - 10 ID - Gerdes2007 ER - TY - JOUR AU - Fozo, E. M. AU - Hemm, M. R. AU - Storz, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Small toxic proteins and the antisense RNAs that repress them JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 72 ID - Fozo2008 ER - TY - JOUR AU - Christensen-Dalsgaard, M. AU - Overgaard, M. AU - Winther, K. S. AU - Gerdes, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA decay by messenger RNA interferases JO - Methods Enzymol VL - 447 ID - Christensen-Dalsgaard2008 ER - TY - JOUR AU - Yamaguchi, Y. AU - Inouye, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - mRNA interferases, sequence-specific endoribonucleases from the toxin-antitoxin systems JO - Prog Mol Biol Transl Sci VL - 85 ID - Yamaguchi2009 ER - TY - JOUR AU - Correia, F. F. AU - D'Onofrio, A. AU - Rejtar, T. AU - Li, L. AU - Karger, B. L. AU - Makarova, K. AU - Koonin, E. V. AU - Lewis, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Kinase activity of overexpressed HipA is required for growth arrest and multidrug tolerance in Escherichia coli JO - J Bacteriol VL - 188 ID - Correia2006 ER - TY - JOUR AU - Schumacher, M. A. AU - Piro, K. M. AU - Xu, W. AU - Hansen, S. AU - Lewis, K. AU - Brennan, R. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular mechanisms of HipA-mediated multidrug tolerance and its neutralization by HipB JO - Science VL - 323 ID - Schumacher2009 ER - TY - JOUR AU - Hayes, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Toxins-antitoxins: plasmid maintenance, programmed cell death, and cell cycle arrest JO - Science VL - 301 ID - Hayes2003 ER - TY - JOUR AU - Anantharaman, V. AU - Aravind, L. PY - 2003 DA - 2003// TI - New connections in the prokaryotic toxin-antitoxin network: relationship with the eukaryotic nonsense-mediated RNA decay system JO - Genome Biol VL - 4 ID - Anantharaman2003 ER - TY - JOUR AU - Christensen, S. K. AU - Gerdes, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Delayed-relaxed response explained by hyperactivation of RelE JO - Mol Microbiol VL - 53 ID - Christensen2004 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Zhang, J. AU - Hoeflich, K. P. AU - Ikura, M. AU - Qing, G. AU - Inouye, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - MazF cleaves cellular mRNAs specifically at ACA to block protein synthesis in Escherichia coli JO - Mol Cell VL - 12 ID - Zhang2003 ER - TY - JOUR AU - Aizenman, E. AU - Engelberg-Kulka, H. AU - Glaser, G. PY - 1996 DA - 1996// TI - An Escherichia coli chromosomal "addiction module" regulated by guanosine [corrected] 3',5'-bispyrophosphate: a model for programmed bacterial cell death JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 ID - Aizenman1996 ER - TY - JOUR AU - Hazan, R. AU - Sat, B. AU - Engelberg-Kulka, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Escherichia coli mazEF-mediated cell death is triggered by various stressful conditions JO - J Bacteriol VL - 186 ID - Hazan2004 ER - TY - JOUR AU - Kolodkin-Gal, I. AU - Sat, B. AU - Keshet, A. AU - Engelberg-Kulka, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The communication factor EDF and the toxin-antitoxin module mazEF determine the mode of action of antibiotics JO - PLoS Biol VL - 6 ID - Kolodkin-Gal2008 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, K. AU - Christensen, S. K. AU - Gerdes, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Rapid induction and reversal of a bacteriostatic condition by controlled expression of toxins and antitoxins JO - Mol Microbiol VL - 45 ID - Pedersen2002 ER - TY - JOUR AU - Nariya, H. AU - Inouye, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - MazF, an mRNA interferase, mediates programmed cell death during multicellular Myxococcus development JO - Cell VL - 132 ID - Nariya2008 ER - TY - JOUR AU - Lewis, K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Programmed death in bacteria JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 64 ID - Lewis2000 ER - TY - JOUR AU - Jayaraman, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacterial persistence: some new insights into an old phenomenon JO - J Biosci VL - 33 ID - Jayaraman2008 ER - TY - JOUR AU - Tsilibaris, V. AU - Maenhaut-Michel, G. AU - Mine, N. AU - Van Melderen, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - What is the benefit to Escherichia coli of having multiple toxin-antitoxin systems in its genome? JO - J Bacteriol VL - 189 ID - Tsilibaris2007 ER - TY - JOUR AU - Magnuson, R. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hypothetical functions of toxin-antitoxin systems JO - J Bacteriol VL - 189 ID - Magnuson2007 ER - TY - JOUR AU - Saavedra De Bast, M. AU - Mine, N. AU - Van Melderen, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Chromosomal toxin-antitoxin systems may act as antiaddiction modules JO - J Bacteriol VL - 190 ID - Saavedra De Bast2008 ER - TY - JOUR AU - Pandey, D. P. AU - Gerdes, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Toxin-antitoxin loci are highly abundant in free-living but lost from host-associated prokaryotes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 ID - Pandey2005 ER - TY - JOUR AU - Sevin, E. W. AU - Barloy-Hubler, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - RASTA-Bacteria: a web-based tool for identifying toxin-antitoxin loci in prokaryotes JO - Genome Biol VL - 8 ID - Sevin2007 ER - TY - JOUR AU - Guglielmini, J. AU - Szpirer, C. AU - Milinkovitch, M. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Automated discovery and phylogenetic analysis of new toxin-antitoxin systems JO - BMC Microbiol VL - 8 ID - Guglielmini2008 ER - TY - JOUR AU - Aravind, L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Guilt by association: contextual information in genome analysis JO - Genome Res VL - 10 ID - Aravind2000 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Who's your neighbor? New computational approaches for functional genomics JO - Nat Biotechnol VL - 18 ID - Galperin2000 ER - TY - JOUR AU - Gabaldon, T. AU - Huynen, M. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prediction of protein function and pathways in the genome era JO - Cell Mol Life Sci VL - 61 ID - Gabaldon2004 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Grishin, N. V. AU - Koonin, E. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - The HicAB cassette, a putative novel, RNA-targeting toxin-antitoxin system in archaea and bacteria JO - Bioinformatics VL - 22 ID - Makarova2006 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - The COG database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Snel, B. AU - Lehmann, G. AU - Bork, P. AU - Huynen, M. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene JO - Nucleic Acids Res VL - 28 ID - Snel2000 ER - TY - JOUR AU - Jorgensen, M. G. AU - Pandey, D. P. AU - Jaskolska, M. AU - Gerdes, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - HicA of Escherichia coli defines a novel family of translation-independent mRNA interferases in bacteria and archaea JO - J Bacteriol VL - 191 ID - Jorgensen2009 ER - TY - JOUR AU - Koonin, E. V. AU - Mushegian, A. R. AU - Galperin, M. Y. AU - Walker, D. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Comparison of archaeal and bacterial genomes: computer analysis of protein sequences predicts novel functions and suggests a chimeric origin for the archaea JO - Mol Microbiol VL - 25 ID - Koonin1997 ER - TY - JOUR AU - Aravind, L. AU - Koonin, E. V. PY - 1999 DA - 1999// TI - DNA polymerase beta-like nucleotidyltransferase superfamily: identification of three new families, classification and evolutionary history JO - Nucleic Acids Res VL - 27 ID - Aravind1999 ER - TY - JOUR AU - Grynberg, M. AU - Erlandsen, H. AU - Godzik, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - HEPN: a common domain in bacterial drug resistance and human neurodegenerative proteins JO - Trends Biochem Sci VL - 28 ID - Grynberg2003 ER - TY - JOUR AU - Schaffer, A. A. AU - Aravind, L. AU - Madden, T. L. AU - Shavirin, S. AU - Spouge, J. L. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. AU - Altschul, S. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with composition-based statistics and other refinements JO - Nucleic Acids Res VL - 29 ID - Schaffer2001 ER - TY - JOUR AU - Marchler-Bauer, A. AU - Panchenko, A. R. AU - Shoemaker, B. A. AU - Thiessen, P. A. AU - Geer, L. Y. AU - Bryant, S. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - CDD: a database of conserved domain alignments with links to domain three-dimensional structure JO - Nucleic Acids Res VL - 30 ID - Marchler-Bauer2002 ER - TY - JOUR AU - Sun, D. AU - Setlow, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - Cloning and nucleotide sequence of the Bacillus subtilis ansR gene, which encodes a repressor of the ans operon coding for L-asparaginase and L-aspartase JO - J Bacteriol VL - 175 ID - Sun1993 ER - TY - JOUR AU - Grose, J. H. AU - Bergthorsson, U. AU - Roth, J. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Regulation of NAD synthesis by the trifunctional NadR protein of Salmonella enterica JO - J Bacteriol VL - 187 ID - Grose2005 ER - TY - JOUR AU - Barragan, M. J. AU - Blazquez, B. AU - Zamarro, M. T. AU - Mancheno, J. M. AU - Garcia, J. L. AU - Diaz, E. AU - Carmona, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - BzdR, a repressor that controls the anaerobic catabolism of benzoate in Azoarcus sp. CIB, is the first member of a new subfamily of transcriptional regulators JO - J Biol Chem VL - 280 ID - Barragan2005 ER - TY - JOUR AU - Cameron, S. AU - McLuskey, K. AU - Chamberlayne, R. AU - Hallyburton, I. AU - Hunter, W. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Initiating a crystallographic analysis of recombinant (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase from Streptomyces wedmorensis JO - Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun VL - 61 ID - Cameron2005 ER - TY - JOUR AU - Dziewit, L. AU - Jazurek, M. AU - Drewniak, L. AU - Baj, J. AU - Bartosik, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The SXT conjugative element and linear prophage N15 encode toxin-antitoxin-stabilizing systems homologous to the tad-ata module of the Paracoccus aminophilus plasmid pAMI2 JO - J Bacteriol VL - 189 ID - Dziewit2007 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Aravind, L. AU - Galperin, M. Y. AU - Grishin, N. V. AU - Tatusov, R. L. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 1999 DA - 1999// TI - Comparative genomics of the Archaea (Euryarchaeota): evolution of conserved protein families, the stable core, and the variable shell JO - Genome Res VL - 9 ID - Makarova1999 ER - TY - JOUR AU - Clissold, P. M. AU - Ponting, C. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - PIN domains in nonsense-mediated mRNA decay and RNAi JO - Curr Biol VL - 10 ID - Clissold2000 ER - TY - JOUR AU - Yuan, H. S. AU - Finkel, S. E. AU - Feng, J. A. AU - Kaczor-Grzeskowiak, M. AU - Johnson, R. C. AU - Dickerson, R. E. PY - 1991 DA - 1991// TI - The molecular structure of wild-type and a mutant Fis protein: relationship between mutational changes and recombinational enhancer function or DNA binding JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 88 ID - Yuan1991 ER - TY - JOUR AU - Kelly, A. AU - Goldberg, M. D. AU - Carroll, R. K. AU - Danino, V. AU - Hinton, J. C. AU - Dorman, C. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - A global role for Fis in the transcriptional control of metabolism and type III secretion in Salmonella enterica serovar Typhimurium JO - Microbiology VL - 150 ID - Kelly2004 ER - TY - JOUR AU - Sallai, L. AU - Tucker, P. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Crystal structure of the central and C-terminal domain of the sigma(54)-activator ZraR JO - J Struct Biol VL - 151 ID - Sallai2005 ER - TY - JOUR AU - Bobay, B. G. AU - Andreeva, A. AU - Mueller, G. A. AU - Cavanagh, J. AU - Murzin, A. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Revised structure of the AbrB N-terminal domain unifies a diverse superfamily of putative DNA-binding proteins JO - FEBS Lett VL - 579 ID - Bobay2005 ER - TY - JOUR AU - Brown, N. L. AU - Stoyanov, J. V. AU - Kidd, S. P. AU - Hobman, J. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - The MerR family of transcriptional regulators JO - FEMS Microbiol Rev VL - 27 ID - Brown2003 ER - TY - JOUR AU - Godsey, M. H. AU - Baranova, N. N. AU - Neyfakh, A. A. AU - Brennan, R. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Crystal structure of MtaN, a global multidrug transporter gene activator JO - J Biol Chem VL - 276 ID - Godsey2001 ER - TY - JOUR AU - Scholz, P. AU - Haring, V. AU - Wittmann-Liebold, B. AU - Ashman, K. AU - Bagdasarian, M. AU - Scherzinger, E. PY - 1989 DA - 1989// TI - Complete nucleotide sequence and gene organization of the broad-host-range plasmid RSF1010 JO - Gene VL - 75 ID - Scholz1989 ER - TY - JOUR AU - Barnett, M. J. AU - Fisher, R. F. AU - Jones, T. AU - Komp, C. AU - Abola, A. P. AU - Barloy-Hubler, F. AU - Bowser, L. AU - Capela, D. AU - Galibert, F. AU - Gouzy, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Nucleotide sequence and predicted functions of the entire Sinorhizobium meliloti pSymA megaplasmid JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 ID - Barnett2001 ER - TY - JOUR AU - Odaert, B. AU - Saida, F. AU - Aliprandi, P. AU - Durand, S. AU - Crechet, J. B. AU - Guerois, R. AU - Laalami, S. AU - Uzan, M. AU - Bontems, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural and functional studies of RegB, a new member of a family of sequence-specific ribonucleases involved in mRNA inactivation on the ribosome JO - J Biol Chem VL - 282 ID - Odaert2007 ER - TY - JOUR AU - Pope, M. K. AU - Green, B. AU - Westpheling, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - The bldB gene encodes a small protein required for morphogenesis, antibiotic production, and catabolite control in Streptomyces coelicolor JO - J Bacteriol VL - 180 ID - Pope1998 ER - TY - JOUR AU - Mishig-Ochiriin, T. AU - Won, H. S. AU - Lee, C. J. AU - Kang, S. O. AU - Lee, B. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biophysical and structural property of the putative DNA-binding protein, BldB, from Streptomyces lividans JO - Biopolymers VL - 69 ID - Mishig-Ochiriin2003 ER - TY - JOUR AU - Stocker, W. AU - Bode, W. PY - 1995 DA - 1995// TI - Structural features of a superfamily of zinc-endopeptidases: the metzincins JO - Curr Opin Struct Biol VL - 5 ID - Stocker1995 ER - TY - JOUR AU - McDonnell, G. E. AU - Wood, H. AU - Devine, K. M. AU - McConnell, D. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Genetic control of bacterial suicide: regulation of the induction of PBSX in Bacillus subtilis JO - J Bacteriol VL - 176 ID - McDonnell1994 ER - TY - JOUR AU - Okamoto, K. AU - Mudd, J. A. AU - Mangan, J. AU - Huang, W. M. AU - Subbaiah, T. V. AU - Marmur, J. PY - 1968 DA - 1968// TI - Properties of the defective phage of Bacillus subtilis JO - J Mol Biol VL - 34 ID - Okamoto1968 ER - TY - JOUR AU - Earl, A. M. AU - Mohundro, M. M. AU - Mian, I. S. AU - Battista, J. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The IrrE protein of Deinococcus radiodurans R1 is a novel regulator of recA expression JO - J Bacteriol VL - 184 ID - Earl2002 ER - TY - JOUR AU - Hua, Y. AU - Narumi, I. AU - Gao, G. AU - Tian, B. AU - Satoh, K. AU - Kitayama, S. AU - Shen, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - PprI: a general switch responsible for extreme radioresistance of Deinococcus radiodurans JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 306 ID - Hua2003 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Zhou, J. AU - Omelchenko, M. V. AU - Beliaev, A. S. AU - Venkateswaran, A. AU - Stair, J. AU - Wu, L. AU - Thompson, D. K. AU - Xu, D. AU - Rogozin, I. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcriptome dynamics of Deinococcus radiodurans recovering from ionizing radiation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Tanaka, M. AU - Earl, A. M. AU - Howell, H. A. AU - Park, M. J. AU - Eisen, J. A. AU - Peterson, S. N. AU - Battista, J. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Analysis of Deinococcus radiodurans's transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance JO - Genetics VL - 168 ID - Tanaka2004 ER - TY - JOUR AU - Ohba, H. AU - Satoh, K. AU - Yanagisawa, T. AU - Narumi, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - The radiation responsive promoter of the Deinococcus radiodurans pprA gene JO - Gene VL - 363 ID - Ohba2005 ER - TY - JOUR AU - Fernandez De Henestrosa, A. R. AU - Ogi, T. AU - Aoyagi, S. AU - Chafin, D. AU - Hayes, J. J. AU - Ohmori, H. AU - Woodgate, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Identification of additional genes belonging to the LexA regulon in Escherichia coli JO - Mol Microbiol VL - 35 ID - Fernandez De Henestrosa2000 ER - TY - JOUR AU - Kawano, M. AU - Aravind, L. AU - Storz, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - An antisense RNA controls synthesis of an SOS-induced toxin evolved from an antitoxin JO - Mol Microbiol VL - 64 ID - Kawano2007 ER - TY - JOUR AU - Weel-Sneve, R. AU - Bjoras, M. AU - Kristiansen, K. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Overexpression of the LexA-regulated tisAB RNA in E. coli inhibits SOS functions; implications for regulation of the SOS response JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Weel-Sneve2008 ER - TY - JOUR AU - Bose, B. AU - Auchtung, J. M. AU - Lee, C. A. AU - Grossman, A. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - A conserved anti-repressor controls horizontal gene transfer by proteolysis JO - Mol Microbiol VL - 70 ID - Bose2008 ER - TY - JOUR AU - Lehmann, C. AU - Lim, K. AU - Chalamasetty, V. R. AU - Krajewski, W. AU - Melamud, E. AU - Galkin, A. AU - Howard, A. AU - Kelman, Z. AU - Reddy, P. T. AU - Murzin, A. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - The HI0073/HI0074 protein pair from Haemophilus influenzae is a member of a new nucleotidyltransferase family: Structure, sequence analyses, and solution studies JO - Proteins VL - 50 ID - Lehmann2003 ER - TY - JOUR AU - Fitz-Gibbon, S. T. AU - Ladner, H. AU - Kim, U. J. AU - Stetter, K. O. AU - Simon, M. I. AU - Miller, J. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 ID - Fitz-Gibbon2002 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Potential genomic determinants of hyperthermophily JO - Trends Genet VL - 19 ID - Makarova2003 ER - TY - JOUR AU - Bloomfield, G. A. AU - Whittle, G. AU - McDonagh, M. B. AU - Katz, M. E. AU - Cheetham, B. F. PY - 1997 DA - 1997// TI - Analysis of sequences flanking the vap regions of Dichelobacter nodosus: evidence for multiple integration events, a killer system, and a new genetic element JO - Microbiology VL - 143 ID - Bloomfield1997 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez Barrios, A. F. AU - Zuo, R. AU - Hashimoto, Y. AU - Yang, L. AU - Bentley, W. E. AU - Wood, T. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Autoinducer 2 controls biofilm formation in Escherichia coli through a novel motility quorum-sensing regulator (MqsR, B3022) JO - J Bacteriol VL - 188 ID - Gonzalez Barrios2006 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. S. AU - Garcia-Contreras, R. AU - Wood, T. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Escherichia coli transcription factor YncC (McbR) regulates colanic acid and biofilm formation by repressing expression of periplasmic protein YbiM (McbA) JO - Isme J VL - 2 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Iyer, L. M. AU - Koonin, E. V. AU - Aravind, L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Extensive domain shuffling in transcription regulators of DNA viruses and implications for the origin of fungal APSES transcription factors JO - Genome Biol VL - 3 ID - Iyer2002 ER - TY - JOUR AU - Heinrich, J. AU - Velleman, M. AU - Schuster, H. PY - 1995 DA - 1995// TI - The tripartite immunity system of phages P1 and P7 JO - FEMS Microbiol Rev VL - 17 ID - Heinrich1995 ER - TY - JOUR AU - Hansen, E. B. PY - 1989 DA - 1989// TI - Structure and regulation of the lytic replicon of phage P1 JO - J Mol Biol VL - 207 ID - Hansen1989 ER - TY - JOUR AU - Busenlehner, L. S. AU - Pennella, M. A. AU - Giedroc, D. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - The SmtB/ArsR family of metalloregulatory transcriptional repressors: Structural insights into prokaryotic metal resistance JO - FEMS Microbiol Rev VL - 27 ID - Busenlehner2003 ER - TY - JOUR AU - Panaretou, B. AU - Siligardi, G. AU - Meyer, P. AU - Maloney, A. AU - Sullivan, J. K. AU - Singh, S. AU - Millson, S. H. AU - Clarke, P. A. AU - Naaby-Hansen, S. AU - Stein, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Activation of the ATPase activity of hsp90 by the stress-regulated cochaperone aha1 JO - Mol Cell VL - 10 ID - Panaretou2002 ER - TY - JOUR AU - Lotz, G. P. AU - Lin, H. AU - Harst, A. AU - Obermann, W. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Aha1 binds to the middle domain of Hsp90, contributes to client protein activation, and stimulates the ATPase activity of the molecular chaperone JO - J Biol Chem VL - 278 ID - Lotz2003 ER - TY - JOUR AU - Biggins, J. B. AU - Onwueme, K. C. AU - Thorson, J. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Resistance to enediyne antitumor antibiotics by CalC self-sacrifice JO - Science VL - 301 ID - Biggins2003 ER - TY - JOUR AU - Singh, S. AU - Hager, M. H. AU - Zhang, C. AU - Griffith, B. R. AU - Lee, M. S. AU - Hallenga, K. AU - Markley, J. L. AU - Thorson, J. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Structural insight into the self-sacrifice mechanism of enediyne resistance JO - ACS Chem Biol VL - 1 ID - Singh2006 ER - TY - JOUR AU - Iyer, L. M. AU - Koonin, E. V. AU - Aravind, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Adaptations of the helix-grip fold for ligand binding and catalysis in the START domain superfamily JO - Proteins VL - 43 ID - Iyer2001 ER - TY - JOUR AU - Bufe, A. AU - Spangfort, M. D. AU - Kahlert, H. AU - Schlaak, M. AU - Becker, W. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - The major birch pollen allergen, Bet v 1, shows ribonuclease activity JO - Planta VL - 199 ID - Bufe1996 ER - TY - JOUR AU - Vetting, M. W. AU - S de Carvalho, L. P. AU - Yu, M. AU - Hegde, S. S. AU - Magnet, S. AU - Roderick, S. L. AU - Blanchard, J. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structure and functions of the GNAT superfamily of acetyltransferases JO - Arch Biochem Biophys VL - 433 ID - Vetting2005 ER - TY - JOUR AU - He, H. AU - Ding, Y. AU - Bartlam, M. AU - Sun, F. AU - Le, Y. AU - Qin, X. AU - Tang, H. AU - Zhang, R. AU - Joachimiak, A. AU - Liu, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Crystal structure of tabtoxin resistance protein complexed with acetyl coenzyme A reveals the mechanism for beta-lactam acetylation JO - J Mol Biol VL - 325 ID - He2003 ER - TY - JOUR AU - Koonin, E. V. AU - Wolf, Y. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomics of bacteria and archaea: the emerging dynamic view of the prokaryotic world JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Koonin2008 ER - TY - JOUR AU - Ulrich, L. E. AU - Koonin, E. V. AU - Zhulin, I. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - One-component systems dominate signal transduction in prokaryotes JO - Trends Microbiol VL - 13 ID - Ulrich2005 ER - TY - JOUR AU - van Nimwegen, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Scaling laws in the functional content of genomes JO - Trends Genet VL - 19 ID - van Nimwegen2003 ER - TY - CHAP AU - van Nimwegen, E. ED - Koonin, E. V. ED - Wolf, Y. I. ED - Karev, G. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Scaling Laws in the Functional Content of Genomes: Fundumental Constrains of Evolution BT - Power Laws, Scale-Free Networks and Genome Biology PB - Landes Bioscience/Eurekah.com CY - Georgetown, Texas ID - van Nimwegen2006 ER - TY - STD TI - Novichkov PS, Ratnere I, Wolf YI, Koonin EV, Dubchak I: ATGC: a database of orthologous genes from closely related prokaryotic genomes and a research platform for microevolution of prokaryotes. Nucleic Acids Res. 2009, D448-54. 37 Database ID - ref93 ER - TY - JOUR AU - Novichkov, P. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Dubchak, I. AU - Koonin, E. V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Trends in prokaryotic evolution revealed by comparison of closely related bacterial and archaeal genomes JO - J Bacteriol VL - 191 ID - Novichkov2009 ER - TY - JOUR AU - Feder, M. AU - Bujnicki, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of a new family of putative PD-(D/E)XK nucleases with unusual phylogenomic distribution and a new type of the active site JO - BMC Genomics VL - 6 ID - Feder2005 ER - TY - JOUR AU - Kinch, L. N. AU - Ginalski, K. AU - Rychlewski, L. AU - Grishin, N. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of novel restriction endonuclease-like fold families among hypothetical proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 33 ID - Kinch2005 ER - TY - JOUR AU - Lewis, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Multidrug tolerance of biofilms and persister cells JO - Curr Top Microbiol Immunol VL - 322 ID - Lewis2008 ER - TY - JOUR AU - Moritz, E. M. AU - Hergenrother, P. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Toxin-antitoxin systems are ubiquitous and plasmid-encoded in vancomycin-resistant enterococci JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 ID - Moritz2007 ER - TY - JOUR AU - Frost, L. S. AU - Leplae, R. AU - Summers, A. O. AU - Toussaint, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mobile genetic elements: the agents of open source evolution JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 ID - Frost2005 ER - TY - JOUR AU - Siefert, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Defining the mobilome JO - Methods Mol Biol VL - 532 ID - Siefert2009 ER - TY - JOUR AU - Kobayashi, I. PY - 2001 DA - 2001// TI - Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution JO - Nucleic Acids Res VL - 29 ID - Kobayashi2001 ER - TY - JOUR AU - Chopin, M. C. AU - Chopin, A. AU - Bidnenko, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phage abortive infection in lactococci: variations on a theme JO - Curr Opin Microbiol VL - 8 ID - Chopin2005 ER - TY - JOUR AU - Fineran, P. C. AU - Blower, T. R. AU - Foulds, I. J. AU - Humphreys, D. P. AU - Lilley, K. S. AU - Salmond, G. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - The phage abortive infection system, ToxIN, functions as a protein-RNA toxin-antitoxin pair JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 ID - Fineran2009 ER - TY - JOUR AU - Wright, G. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The antibiotic resistome: the nexus of chemical and genetic diversity JO - Nat Rev Microbiol VL - 5 ID - Wright2007 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - McGuffin, L. J. AU - Bryson, K. AU - Jones, D. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - The PSIPRED protein structure prediction server JO - Bioinformatics VL - 16 ID - McGuffin2000 ER - TY - JOUR AU - Arcus, V. L. AU - Rainey, P. B. AU - Turner, S. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The PIN-domain toxin-antitoxin array in mycobacteria JO - Trends Microbiol VL - 13 ID - Arcus2005 ER -